La Wehrmacht et la Waffen-SS l'ont également utilisée comme caserne pendant la Seconde Guerre mondiale, mais aussi comme prison pour les résistants. Ils ont installé un lieu d'exécution dans une cour extérieure de la citadelle, reliée à la prison. Ainsi, les condamnés à mort pouvaient être directement conduits de la prison à l'exécution. L'enclos des fusillés est aujourd'hui un mémorial situé dans le parc de la citadelle. Parmi les 415 tombes, seules 99 sont encore occupées, car les restes des défunts ont été rendus aux familles. Le chapelain de la prison est également enterré ici. l y a deux possibilités de garer sa voiture: soit au parking rue des Glacis ou encore le parking pour les visiteurs de l'hôpital. Dans le dernier cas, on peut emprunter le sentier qui contourne la citadelle pour arriver, à la fin, à la cour des fusillés par un sentier à côté du parking des employés.